diffコマンドでディレクトリ比較

できるんですねー。知りませんでした...

# diff -v
diff (GNU diffutils) 2.8.1
Copyright (C) 2002 Free Software Foundation, Inc.

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under the terms of the GNU General Public License.
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-- 以下は参考訳です。法的な事項については上の記述にしたがってください。
法の許す範囲において、一切の保証はありません。あなたは、このプログラム
の複製を、GNU General Public Licenseに基づいて再頒布できます。これらの
事項についての詳しい情報は、COPYINGというファイルを見てください。

作成は、Paul Eggert、Mike Haertel、David Hayes、
Richard Stallman、Len Tower。
# ls -1R
.:
aaa
bbb

./aaa:
a.txt
b.txt
binary-file

./bbb:
a.txt
c.txt
binary-file
# diff -r aaa bbb
diff -r aaa/a.txt bbb/a.txt
1a2
> bbb
aaaだけに発見: b.txt
バイナリー・ファイルaaa/binary-fileとbbb/binary-fileは違います
bbbだけに発見: c.txt

行き詰まったら、これらのツールを使ってみようかと思います。
WinMerge 日本語版
MOONGIFT: » ディレクトリ単位で差分を表示する「stroy」:オープンソースを毎日紹介